I got it と You got it は微妙に意味が違います。
I got it は相手の言ったことを理解したとき、わかりました。というときに使います。I understoodよりカジュアルな言い方です。
You got it は相手の頼み事や依頼を承諾するとき、了解しましたというときに使います。
アメリカでタクシーに乗ったとき、行先を伝えると運転手は You got itといいますが、私はしばらく、何故 I got itではなくYou got itなのか？と疑問に思っていました。タクシーの運転手は理解したのではなく了解しましたという意味で You got itを使っているのです。